המילה כנסייה, באנגלית church, מקורה מהמילה היוונית kyrios שפירושה "אדון" ומהבסיס ההודו-אירופי kewe שפירושו "להיות חזק". משמעויות של המילה בימינו כוללות "קהילה דתית", "סמכות דתית כנבדלת מהחילונית" ו-"המקצוע של איש דת; כהונה דתית."
המילה כנסייה אינה נמצאת בשימוש רק על-ידי ארגונים נוצריים. כנסיות היו בנמצא עשרת אלפים שנה לפני הנצרות, והנצרות עצמה התקוממה כנגד הכנסייה הרשמית. בשימוש מודרני, אנשים בעולם מדברים על הכנסייה הבודהיסטית או הכנסייה המוסלמית, בהתייחסם באופן כללי לכלל קבוצת המאמינים במסורת דתית מסויימת.
כנסייה היא פשוט קהילה של אנשים שמשתתפים בפעילויות דתיות משותפות. המילה 'כנסייה' משמשת גם בההתייחסות לבניין שבו מתכנסים חברי קבוצה דתית על מנת ליישם בפועל את דתם ולהשיג מודעות רוחנית גבוהה יותר ורווחה.
בשנות החמישים, סיינטולוגים נוכחו לדעת שהטכנולוגיה של ל. רון האברד ותוצאותיה עסקו ישירות בשחרורה של רוח האדם, ושמודעות רוחנית גבוהה יותר הושגה בדרך שיגרה. לא היה ספק בליבם שטיבו של עיסוקם היה דתי; לפיכך, בראשית שנות החמישים, נקבע על דעת כולם כי יש לייסד כנסייה על מנת לשרת בדרך טובה יותר את צורכיהם הרוחניים ואת אלה של אחרים אשר חלקו עימם את אמונתם. כנסיית הסיינטולוגיה הראשונה נרשמה כתאגיד בשנת 1954.
לפיכך, סיינטולוגיה היא דת, והשימוש במילה 'כנסייה' כאשר מתייחסים לסיינטולוגיה הינו נכון.
